Die Reinigung und Desinfektion der Endoskope und des sämtlichen Zubehörs erfolgt nach jeder Untersuchung gemäß den Hygienevorschriften. Es werden entsprechend den Vorschriften regelmäßige Kontrollen auf einwandfreie Hygiene durch hierzu ermächtigte, unabhängige mikrobiologische Institute vorgenommen. Nur bei einwandfrei nachgewiesener Erfüllung der Hygieneanforderungen wird das sog. Hygienezertifikat erteilt, das längstens halbjährlich erneuert werden muss. Andernfalls droht der Entzug der Erlaubnis zu endoskopischen Untersuchungen.
Begehung durch das Gewerbeaufsichtsamt entsprechend den heutigen Vorschriften und Vereinbarungen erbrachten ausnahmslos Anerkennung und Bestätigung eines vorbildlichen Hygienestandards.
In der Praxis werden soweit möglich und sinnvoll ausnahmslos Einmalartikel als Endoskopiezubehör verwendet (Zangen zur Entnahme von Gewebeproben, Verödungsnadeln, Elektroschlingen zur Polypenabtragung usw.).